Institut für Polymorphismus- und Mutationsanalytik

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PCR- und Primer-Design (Feb)

Gendiagnostik:20180226
Gendiagnostik:20180227
Inhalte & Lernziele

Die Anwendung der PCR in modernen Laboren ist äußerst vielseitig und reicht von der regulären PCR über Multiplex-PCR-Methoden, long-PCR und Real Time PCR bis zu komplexen Genexpressionsstudien. Die richtige Planung der PCR sowie die Auswahl der geeigneten Zielsequenzen für die Primer entscheidet dabei oft über Erfolg und Misserfolg der PCR.

Dieser Kurs gibt Ihnen eine Anleitung, wie Sie Ihre PCR optimal planen und durchführen.  

  • Einführung in PCR und Real Time PCR
  • Planung der PCR und Real Time PCR
  • Oligosynthese, LNA-Oligos, Basen-Analoga, Additive und Puffer
  • Datenbank-Recherche nach Zielsequenzen
  • Strategien für das Primer Design
  • Primer-Design-Programme
  • Überprüfung der Primer-Spezifität mit: BLAST, BLAT und in-silico-PCR
  • ClustalX, Bioedit, Primer3, MultiPLX2.0 und FASTPCR

Im praktischen Teil arbeiten Sie mit BLAST, Genbank, dokumentieren mittels pDRAW32, ordnen die Sequenzen mit ClustalX an und designen Primer mittels Primer3 oder FASTPCR.
Als Übungsbeispiele designen wir Primer-Sets für eine Genotypisierungs-Aufgabe, eine Multiplex-PCR für ein Deletionsscreening und eine Multiplex-qPCR (4 Sonden-System). Gerne können Sie Ihre eigene Fragestellung mit einbringen und bearbeiten.


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